Какой срок устанавливают на строительство здания?

Без ознакомления с документами на строительство, которые у вас есть (проект, разрешение, договор аренды и т.п.)  невозможно ответить на ваш вопрос. Обратитесь к юристу, который всё изучит, проанализирует и тогда можно будет сделать какие-то выводы и по срокам и по увеличению арендной платы.

Срок  на строительство не устанавливается. Вообще полагаю, что для решения Ваших юридических вопросов Вам следует обратиться за помощью к специалистам.

Вообще строительство тесно связано с арендой. Если договор аренды растрогается, то и освободить его необходимо. Между тем, если на земельном участке имеется объект недвижимости, принадлежащий застройщику на праве собственности, то и земельный участок, необходимый для пользования этим объектом  передается застройщику. Другое дело, если объект не достроен, то нужно разрабатывать схему по закреплению земельного участка.
Кроме того, необходимо изучить вопрос о законности повышения арендной платы. Обращайтесь http://advokatprof74.ru

Двукратная ставка размера земельного налога на соответствующий земельный участок по договору аренду муниципальной или государственной земли у нас установлено на основании п. 7 ПРАВИЛ ОПРЕДЕЛЕНИЯ РАЗМЕРА АРЕНДНОЙ ПЛАТЫ, А ТАКЖЕ ПОРЯДКА, УСЛОВИЙ И СРОКОВ ВНЕСЕНИЯ АРЕНДНОЙ ПЛАТЫ ЗА ЗЕМЛИ, НАХОДЯЩИЕСЯ В СОБСТВЕННОСТИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 16 июля 2009 года № 582. но только в отношении освоения тех участков. которые предоставлены жилищного строительства, если истекли 3 года со дня предоставления в аренду земельного участка. Но в соответствии с п. 8 указанного Постановления Правительства РФ условиями заключенного Вами договора может быть предусмотрен рост арендной платы. Посмотрите внимательно раздел договора, посвященный изменению размера арендной платы. 

Для ответа на вопрос, в течение какого периода времени Вы должны были освоить земельный участок. необходимо знать, в каком порядке предоставлялся в аренду земельный участок: с предварительным согласованием размещения объекта или без такового. Стандартный вариант исчисления сроков строительства -  указание в договоре, что земельный участок предоставляется на срок строительства здания, а сам срок определяется при проведении проектных работ. Все это должно найти отражение в договоре.

Срок освоения земельного участка исчисляется с момента заключения договора аренды, а если сделка подлежит государственной регистрации (договор заключен на срок более одного года) - с момента государственной регистрации. Общий срок освоения земельного участка (в Вашем случае - завершения строительства), исходя из нормы п. 4 ч. 2 ст. 46 Земельного кодекса РФ - 3 года, если иной срок не установлен договором.

Может быть, если изучить документы, связанные с предоставлением Вашей организации земельного участка для строительства, найдется основание считать действия собственника земельного участка по увеличению платы незаконными.