Какое должно быть строение (дом), чтобы сдать его в эксплуатацию?

Вы можете начать строительство дома, заложить фундамент, а в дальнейшем, если не уложитесь в сроки строительства, можете зарегистрировать объект как незавершенное строительство.

Чтобы ответить в полном объеме на представленный вопрос, необходимо, конечно, посмотреть сам договор. Полагаю, что речь идет о договоре купли-продажи земельного участка, а обременение в виде ипотеки вызвано, скорее всего, рассрочкой платежа. Если это так, то установление залога земельного участка как способа обеспечения исполнения обязательства вызвано не установлением сроков строительства жилого дома, а сроком рассрочки платежа, предоставленной продавцом. Законодательство напрямую не предусматривает каких-то временных (по предельным срокам) ограничений для строительства индивидуального жилого дома. В законодательстве есть нормы, которые "заставляют" собственника осваивать земельный участок. Так, в настоящее время земельный налог взимается с коэффициентом 2 по истечении 10 лет  с момента государственной регистрации права собственности на земельный участок, предоставленный для индивидуального жилищного строительства, если строительство не завершено, и дом не сдан в эксплуатацию (п.16 ст. 397 Налогового кодекса РФ).

А в случае предоставления земельного участка в аренду, арендодатель вправе требовать возврата земельного участка и прекращения договора аренды в случае не использования земельного участка, предназначенного для жилищного или иного строительства, в указанных целях в течение трех лет, если более длительный срок не установлен федеральным законом или договором аренды земельного участка, за исключением времени, необходимого для освоения земельного участка, а также времени, в течение которого земельный участок не мог быть использован по назначению из-за стихийных бедствий или ввиду иных обстоятельств, исключающих такое использование (п. 4 ч. 2 ст. 46 Земельного кодекса РФ).

Договором может быть предусмотрено условие, согласно которому покупатель обязан в течение 5 лет построить индивидуальный жилой дом, но это условие не опирается на требования закона. Поэтому можно начать строительство, а, если строительство не удастся закончить в течение 5 лет, можно будет оформить в УФРС (то, что раньше именовалось Регистрационная палата) право собственности на объект, не завершенный строительством.